При переносе исходных текстов, написанных в среде Windows, в среду Linux
нужно с каждым текстовым файлом проделать два следующих преобразования:

(1) замена окончаний строк:
>dos2unix test.ref             

(2) перекодировка Кириллицы в utf-8 (если необходимо)
>linux iconv -f WINDOWS-1251 -t UTF-8 < test.ref > test.ref-lin
> cp test.ref-lin test.ref
